Az Enterprise összegyűjti a 20. századi genetikai szuperemberekből álló legénységet… de vezetőjük, Khan egy új birodalom létrehozását tervezi.

Kirk kapitány karrierje forog kockán, amikor bíróság elé állítják, mert egy ionvihar során elveszítette a legénységet.

Spock bírósági tárgyalása folytatódik, miközben megpróbálja igazolni Pike elrablását, az Enterprise ellopását, és a Csillagflotta által betiltott bolygó felé tartott.

Spock elrabolja korábbi kapitányát, a nyomorék Christopher Pike-ot, és egy karanténba zárt bolygó felé veszi az irányt, kockára téve karrierjét és Kirk életét.

Egy furcsa idegen anyag hatására a legénység kifejti legmélyebb gátlásait, miközben a hajó lezuhan a pályáról.

Kirket és legénységét halálos veszély fenyegeti egy idegen lény miatt, amely az emberi testben lévő sóval táplálkozik, és bármilyen formát ölthet.