Scully FBI-os karrierje is veszélybe kerül, mivel Mulder még mindig nem került elő és többen is meg akarják kapni az ellopott iratokat. Közben a Navajok egy barlangban megtalálják Mulder testét…

Miután Mulder hozzájut az eredeti és vágatlan MJ dokumentumokhoz, amelyek igazolják, hogy a kormány tud a földönkívüliek létezéséről, veszélybe kerül az élete.