Egy forgalmas arlingtoni gyorsétkezdében Galen, a zavarodott férfi, lövöldözni kezd a vendégekre. Egy rendőr viszonozza a tüzet és súlyosan megsebesíti Galent. Ekkor egy kedves mosolyú ember lép elő és tenyerét…

Scully FBI-os karrierje is veszélybe kerül, mivel Mulder még mindig nem került elő és többen is meg akarják kapni az ellopott iratokat. Közben a Navajok egy barlangban megtalálják Mulder testét…

Miután Mulder hozzájut az eredeti és vágatlan MJ dokumentumokhoz, amelyek igazolják, hogy a kormány tud a földönkívüliek létezéséről, veszélybe kerül az élete.

Miután Mulder megkapja négy teljesen egyforma férfi gyászjelentését, felveszi vele a kapcsolatot egy rejtélyes CIA ügynök, aki szerint egy férfi megpróbálja megakadályozni a klónok elterjedését a világon.

A vadász elrabolja Scully-t, és el akarja cserélni Mulder testvérére, akiről kiderül, hogy egy klón. Miután az üzlet meghiusul és Mulder rájön, hogy Samantha csak egy klón, felkeresi a vadászt.