Az NCIS csapat ezúttal egy afgán katona gyilkossági ügyében nyomoz.

Egy robbantás három FBI ügynök életébe kerül. Az NCIS csapata ekkor segít kideríteni a terrorista kilétét. Kensi és Deeks titka kitudódik, és belső vizsgálatot rendelnek el miattuk.

Egy rutinművelet során Sam-et súlyos lövés éri. Feltűnik egy régi ismerős a múltból, Thapa, akivel Callen-ék kénytelenek együtt nyomozni, hogy megtalálják a lövészt és az indokokat.

Sam és Callen Mexikóban élelmiszer-árusként próbálnak meg bizonyítékot találni. Az ügy egy szándékos anthrax-mérgezésre utal, amit fegyverként akarnak felhasználni az amerikaiak ellen.

Callen-t és Sam-et elrabolják, amikor egy eltűnt NSA ügynökről kapnak információt. A csapat rájön, hogy eltűnésük egy terroristák által szervezett csapda lehet.

A tunéziai Sfaxban gyilkossági merényletet követnek el az ott tartózkodó amerikai nagykövet ellen. Callen és Sam a helyszínre utaznak, hogy kiderítsék, ki áll a támadás mögött.

Callen fedett akcióban egy fegyverkereskedő után nyomoz. Terroristák foglalják el váratlanul az épületet, és Callent is túszul ejtik. Az NCIS csapata rögtön a helyszínre siet, ám kiderül, hogy az eset…

Egy birodalmi hajó egy új szuperfegyver segítségével elfogja Ezrát, Sato parancsnokot és legénységét. Kanan megpróbálja megmenteni a fogva tartott lázadókat és megsemmisíteni a fegyvert.

A lázadók megtudják, hogy az inkvizítorok Erőérzékeny gyerekeket keresnek, és együtt dolgoznak, hogy megvédjék a fiatalokat az inkvizítoroktól.

Sabine elkísér egy futárt a lázadók számára döntő fontosságú titkos információkkal a találkozási pontig. A feladat azonban a vártnál nehezebbnek bizonyul…

Hogy meneküljön a lázadó és a jedi felelőssége elől, Ezra mentőakcióra indul Chopperrel együtt, miután segélyhívást kaptak. Meglepődnek, amikor megtudják, hogy a rászoruló hajó Hondo Ohnakáé. Hondo felajánlja Ezrának, hogy…

Mivel a lázadóknak új hajóra van szükségük a birodalmi blokád leküzdéséhez, Hera veszélyes küldetésre indul, hogy találkozzon egy különc csillaghajó-mérnökkel, és elnyerje bizalmát. De vajon ez elég lesz ahhoz, hogy…

Ezra, Zeb, Sabine és Chopper éppen ellátmányt keres egy elhagyott mentőállomáson, amikor szétválasztja őket Vader nagyúr két Inkvizítorának támadása.

Ezra és a többiek kezdenek barátságot kialakítani az öreg Klón katonákkal, de Kanan nem tudja magát rávenni, hogy bízzon bennük. Vajon meggondolja magát, amikor a birodalmi erők támadása összefogásra kényszeríti…

A legénység visszatér Lothalra, ahol Vader várja őket. A lázadók megszöknek Lothalról, azonban Vader megtámadja a flottát.

Ahsoka elküldi a Lázadókat hogy nyerjen meg az ügyüknek egy háborús hőst. Amikor kiderül, hogy a hős nem más, mint Rex százados, akkor a régi Jedi-Klón ellentét kockára teszi a…